背景色について
| 前作から登場 | 前作のアドバンス版で登場 | 新規モンスター |
| 通常モンスター | ||||
| ゴブリン | ダイブイーグル | フロータイボール | ソードラット | インセクタス |
| フライングアイ | ドモボーイ | ボム | ペイニーボム | ガトリンガ |
| ガーゴイル | ズー | コカトリス | スピリット | ソウル |
| ブラッディボーン | グール | レブナント | リリス | フェイスバット |
| オーガ | ケンタウロナイト | ミニマジシャン | ゾンビー | スケルトン |
| イエローゼリー | ファングシェル | デスタネット | スプラッシャー | らいぎょ |
| アリゲイター | ギガースゲイター | ヒュドラ | フラッドウォーム | バロンこのえへい |
| くろとかげ | ツインスネーク | ケットシー | ヘルニードル | ドラキュレディ |
| エーラパトラ | マインドフレア | パープルババロア | ヘルタートル | プラクティ |
| レディガーダー | ブリズリザード | ブリーズビースト | モルズ | アームドママル |
| アイアンドレス | マグマントータス | ミステレグ | ラミア | キマイラ |
| クアール | ブラッディバット | スカルジャー | ステイルゴーレム | |
| 月齢限定 | らいりゅう 【満月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| サンドウォーム | ベルフェゴール | アーリマン | ストラトエイビス | アンダグランダ |
| アダマンゴーレム | ||||
| イベントバトル | ||||
| バハムート | フレイムドッグ | |||
リディア編追加分
| 通常モンスター | ||||
| バジリスク | レーシイ | ギガントード | オーガニトード | ブラッドフラワ |
| レッドマシュマロ | ゴブリンキャップ | ソーサルレディ | アサルトドアー | ウッドアイズ |
| ブラックナイト | フレイムドッグ | レメディボム | ソーサラー | バーサオーガ |
| らいせい | れいきし | |||
| 月齢限定 | クアルトパペット 【上弦の月】 | グリーンドラゴン 【下弦の月】 | ||
| ボスキャラクター | ||||
| デモンズウォール | カルコ | ブリーナ | アガルトタイマイ | タイタン |
| ゴブこぶん | ゴブおやぶん | |||
ヤン編追加分
| 通常モンスター | ||||
| モンクそう | フライキラー | シーポッツ | キャプテン | バロンかいへい |
| サハギン | ナーガ | マザーラミア | ストーンゴーレム | ミスリルゴーレム |
| 月齢限定 | レッドドラゴン 【新月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| マザーボム | カイン | アダマンタイマイ | ||
パロム編追加分
| 通常モンスター | ||||
| ファイアドール | ブリザドール | サンダドール | ミニレッド | ミニブルー |
| ミニイエロー | ウィルプリースト | リカルドメイジ | ラメイジ | ホワイトムース |
| メデューサ | ギルバード | |||
| 月齢限定 | ギルバード（強） 【満月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| ダークエルフ | ブレインドラゴン | |||
| イベントバトル | ||||
| パロム | ダークドラゴン | 謎の少女 | ||
エッジ編追加分
| 通常モンスター | ||||
| クリフイーグル | スカイピューピル | ネイビーモス | ワイルドバット | しさくきかいほう |
| しさくきかいへい | ヘルフラッパー | クリセイルス | ブラッディレッド | エビルヘッド |
| マリード | ナーガラージャ | ミスバンパイア | キマイラブレイン | モルボル |
| 月齢限定 | ベヒーモス 【新月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| ゲッコウ | イザヨイ | ザンゲツ | ツキノワ | |
| イベントバトル | ||||
| イフリート | ||||
ポロム編追加分
| 通常モンスター | ||||
| デスビューティ | スケルリッパー | コープスヘイト | フレイムエビル | ドリームエビル |
| 月齢限定 | はくりゅう 【上弦の月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| クラーマンモス | クラーリーチ | |||
| イベントバトル | ||||
| ラムウ | ||||
ギルバート編追加分
| 通常モンスター | ||||
| ハンドレッグ | デザートサハギン | |||
| ボスキャラクター | ||||
| とうぞく | ||||
カイン編追加分
| 通常モンスター | ||||
| ゾンビへい | ブレイズトード | サハギンナイト | ミズチ | フレイゲイター |
| マモン | サタナイト | サタナジュニア | しょうかんし | アルケニー |
| 月齢限定 | グレイクアール 【下弦の月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| オクトクラーケン | オクトリーチ | カイン？ | カースドラゴン | |
| イベントバトル | ||||
| 竜騎士 | ギルバート | ローザ | ||
月の民編追加分
| 通常モンスター | ||||
| フレイムナイト | ブラックプリン | グァバルウォーム | モルボルカウント | |
| 月齢限定 | しっこくのりゅう 【新月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| 謎の少女 | ゼロムスマインド | キリン | アームストロング | |
| イベントバトル | ||||
| セシル | アスラ | リヴァイアサン | ヤン | テラ |
| シド | ||||
集結編追加分
| 通常モンスター | ||||
| アントリオン | ルドラ | ルドランベビー | ゴルゴーン | アラウネ |
| トーディトード | トーディウィッチ | アビスウォーム | きょじんへい | あんこくまどうし |
| スカルドラゴン | ゴブリンプリンス | モルボルグレート | ||
| ボスキャラクター | ||||
| メルトゴーレム | イフリート | シヴァ | ラムウ | シルフ |
| モルボルマーキス | ||||
| イベントバトル | ||||
| ルビカンテ | オーディン | |||
終章・前編追加分
| 通常モンスター | ||||
| ルナウィルス | マテリアル | バックドウォーム | ネスカリョーテ | ミカリョーテ |
| プロカリョーテ | ユカリョーテ | ダークグラネイド | アマゾネス | ハイウィザード |
| ボーンドラゴン | こくりゅう | ワイト | シャドウ | リビングメイル |
| アルバシモ | サウルスゾンビー | スカルナント | グリーンセル | ソリッドシャット |
| シルバンポス | キングフロッガ | アーモン | クロコダイル | ハイドロゴーレム |
| らいちょう | ルシファー | ブラストゴーレム | てっきへい | きかいへい |
| きかいほう | きかいりゅう | つきのめがみ | まじんへい | ぎんりゅう |
| きんりゅう | ||||
| 月齢限定 | グレイクアール（強） 【下弦の月】 | しっこくのりゅう（強） 【新月】 | ||
| こくりゅう（強） 【上弦の月】 | プリンプリンセス 【満月】 | |||
| ベヒーモス（強） 【新月】 | はくりゅう（強） 【上弦の月】 | |||
| グリーンドラゴン（強） 【下弦の月】 | レッドドラゴン（強） 【新月】 | |||
| らいりゅう（強） 【満月】 | きんりゅう（強） 【満月】 | |||
| ボスキャラクター | ||||
| ベイガン | みぎうで | ひだりうで | ドグ | マグ |
| ラグ | ルゲイエ | バルナバ | スカルミリョーネ | カイナッツォ |
| バルバリシア | ルビカンテ | せいぎょシステム | ぼうえいシステム | げいげきシステム |
| アスラ | リヴァイアサン | 暗黒騎士 | ||
| イベントバトル | ||||
| エブラーナおう | エブラーナおうひ | |||
| 開発室 | ||||
| いむいむ | なかはら | よこやまかつひこ | １９３４４１３ | タカムラヒロユキ |
| テスターＡ | テスターＢ | テスターＣ | てづかいちろう | にいやま |
| モミやま | ナベコ | かおりこ | なつこ | ゲームしょくにん |
| わんちん | くりはら | なるみしんご | ||
終章・後編追加分
| 通常モンスター | ||||
| ブルードラゴン | ラミアクイーン | サハギンプリンス | しんえいたい | カオスナイト |
| ボムキング | クアールレギナ | ダストムース | モルボルワースト | フェイズ |
| すいしょうりゅう | まじんりゅう | キマイラガイスト | カトブレパス | プロトフェイズ |
| モルボルデューク | フルバディ | ライトアーム | レフトアーム | ライトフット |
| レフトフット | マイナス | |||
| ボスキャラクター | ||||
| I | リッチ | マリリス | クラーケン | ティアマット |
| II | キングベヒーモス | テツキョジン | ベルゼブル | アスタロート |
| III | ケルベロス | ２ヘッドドラゴン | エキドナ | アーリマン |
| V | ギルガメッシュ | アトモス | オメガ | しんりゅう |
| VI | オルトロス | まれっしゃ | デスゲイズ | アルテマウェポン |
| バハムート | ？？？ | クリエイター | ||
おまけ・前作にしか登場していない通常モンスター
| リルマーダー | ミスリーダ | グルームウイング | マリオン | フラウドパペット |
| マリオネイター | アイズ | サーチャー | ラストアーム | イエロードラゴン |
| ゼムスブレス | ゼムスマインド |